在1502年之前不久，最后一位流亡的拜占庭王位声索者安德烈亚斯·帕拉奥洛戈斯（andreas
palaiologos）将他的头衔及王室和帝国权利出售给费迪南德。
然而，由于交易的可疑性，这些权利从未被使用。
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伊莎贝拉去世后的费迪南德。
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伊莎贝拉于1504年10月12日立下遗嘱，为她于同年11月26日的去世做准备。
在遗嘱中，她明确了卡斯蒂利亚王位的继承顺序，将其留给女儿乔安娜，然后是乔安娜的儿子查理（查理五世）。
伊莎贝拉对乔安娜的统治能力表示怀疑，对乔安娜的丈夫菲利普大公也不太信任。
费迪南德在妻子去世后迅速行动，继续参与卡斯蒂利亚的事务。
在妻子去世当天，他正式放弃了卡斯蒂利亚国王的头衔，而成为该王国的总督，以此作为摄政的方式。
菲利普认为他的妻子精神正常，适合统治。
费迪南德和菲利普之间达成了妥协，使费迪南德在卡斯蒂利亚继续发挥作用。
费迪南德在乔安娜因丈夫在尼德兰的事务缺席期间担任了她的摄政。
他试图永久保留摄政的权利，但遭到了卡斯蒂利亚贵族的拒绝，最终被乔安娜的丈夫取代。
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在1506年的《维拉法菲拉条约》（treaty
of
villafafila）中，费迪南德不仅将卡斯蒂利亚的统治权让给菲利普，还放弃了对印度群岛的统治权，扣留了“印度王国”
一半的收入。
乔安娜和菲利普立即在他们的头衔中添加了印度群岛、海洋岛屿和大陆的王国。
然而，由于菲利普的去世，《维拉法菲拉条约》并没有持续太久。
费迪南德重新担任卡斯蒂利亚的摄政，成为“印度之主”
（lord
of
the
indies）。
失去配偶的费迪南德在1505年7月与法国结盟，并娶了杰尔梅娜·德·福伊（germaine
of
foix），进一步巩固了与法国的联盟。
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